ناهماهنگی بین دستگاه ها در بحث سامانه ها برای ایجاد یک فرایند ساده و شفاف در پروسه ثبت سفارش کالا از مرحله تخصیص و تامین ارز تا ترخیص کالا بسیار زیاداست
از ۴۴ میلیارد دلار صادرات ایران در سال گذشته تنها ۱۰ میلیارد دلار آن به سامانه نیما بازگشته است. یعنی ۳۰میلیارد دلار از مجموع ۴۴ میلیارد دلار ارز حاصل از صادرات، نه بهصورت کالا و نه به هیچ صورت دیگری وارد کشور نشده است