در کنار چالش هایی که در حوزه صادرات غیرنفتی در کشور شاهد آن هستیم کارشناسان معتقدند چالش های حوزه حمل و نقل و لجستیک از اهمیت بالایی برخوردار است. به عقیده فعالان حوزه صادرات یکی از مهمترین موضوعاتی که باعث شد بازار روسیه پا نگیرد مشکلات این حوزه است. اسدالله عسگراولادی، رئیس کمیسیون توسعه صادرات اتاق بازرگانی ایران بارها بر این نکته تاکید کرده که حمل‌ونقل هوایی در صادرات ایران جایگاهی ندارد. به عقیده وی به همین دلیل هم بسیاری از کالاهایی که تاریخ مصرف آنها کوتاه است از جمله گل و سبزیجات سهم اندکی در صادرات دارند. او همچنین حمل‌ونقل دریایی را با توجه به تحریم‌ها و مشکلات کشتی‌ها در سال های گذشته موثر نمی‌داند.

برخی دیگر از فعالان این حوزه نیز معتقدند کمبود کانتینرهای یخچال‌دار، کمبود کامیون‌های بین‌المللی و فقدان خطوط کشتیرانی منظم که بتواند کالاهای فسادپذیر را به صورت روزانه و مستمر به بازارهای هدف مانند امارات متحده عربی و روسیه برساند، احساس می‌شود. در همین راستا لازم است تا صدور مجوز برای خرید کامیون و کانتینر یخچال‌دار مستعمل، تامین اعتبارات بانکی با نرخ بهره رقابتی و برقراری خطوط کشتیرانی منظم به بازارهای هدف مورد تاکید و بررسی قرار گیرد.
هزینه‌های بالای حمل‌ونقل در کنار مشکلاتی از جمله نوسانات نرخ ارز و همچنین سیاست‌ها و قوانین از دیگر مواردی است که قدرت رقابت کالاهای صادراتی کشور را در بازارهای جهانی می‌گیرد. مظفر علیخانی، از فعالان حوزه صادرات در این باره می گوید: ثبات نرخ ارز از سیاست‌های راهبردی دولت در راستای کنترل و مهار تورم است. بر همین اساس دولت باید در اجرای قانون برنامه پنجم توسعه کشور و به منظور حفظ قدرت رقابت و چانه‌زنی صادرکنندگان در بازارهای هدف صادراتی، در پایان هر سال نرخ ارز را متناسب با مابه‌التفاوت نرخ تورم داخلی و تورم بین‌المللی افزایش دهد.

وی معتقد است همچنین ثبات سیاست‌ها و قوانین و مقررات ناظر بر امر صادرات طی قانون برنامه پنجم توسعه به برنامه‌ریزی جهت انعقاد قرارداد، تولید و صادرات کمک می‌کند.
در این بین صادرکنندگان بر این باورند تا زمان الحاق ایران به سازمان تجارت جهانی، برای رفع مشکلات تبعیض تعرفه‌های گمرکی کالاهای صادراتی ایران با سایر کشورهایی که عضو این سازمان هستند، امضا و برقراری موافقت‌نامه تعرفه‌های ترجیحی با شرکای تجاری باید در دستور کار دولت قرار گیرد تا با بازارگشایی‌های جدید، وضعیت صادرات کشور بهبود یابد. همچنین تدوین استراتژی توسعه صادرات کالاهای غیرنفتی، پرداخت جوایز و مشوق‌های صادراتی، رفع ممنوعیت‌های صادرات از طریق عوارض، بازاریابی‌های کلان و سرمایه‌گذاری برای برندسازی در سطح جهانی از دیگر درخواست‌های صادرکنندگان برای بهبود آمارهای صادرات است.

فعالان بخش خصوصی بر این موضوع نیز تاکید دارند که اقتصاد دولتی، رانت‌ها، انحصارگرایی و تبعیض از چالش‌های اساسی اقتصاد کشور است. بنابراین خصوصی‌سازی، لغو انحصار، تبعیض‌ها و رانت‌ها پیش‌شرط رشد بخش خصوصی و توسعه اقتصادی است.